Am 11. Juni 2013 fand die erste offizielle Sitzung der Koordinierungsgruppe des SIS II ( SIS II SCG) statt, welche im Anschluss an die am 9. April 2013 erfolgte Inkraftsetzung des SIS II die Gemeinsame Kontrollinstanz von Schengen (GKI) ersetzt hat. In der Koordinierungsgruppe SIS II arbeiten die für die Aufsicht über das Schengener Informationssystem verantwortlichen Datenschutzbehörden zusammen. Sie besteht aus je einem Vertreter der nationalen Datenschutzbehörden aller Mitgliedstaaten sowie des Europäischen Datenschutzbeauftragten (EDSB). Das Sekretariat wird vom EDSB geleitet. Die Schweiz wird durch den EDÖB und die kantonalen Datenschutzbehörden vertreten.
Die Koordinierungsgruppe SIS II hat die Aufgabe, die gemeinsamen Kontrollaktivitäten und Inspektionen zu koordinieren, die Einhaltung der Datenschutzbestimmungen der SIS-II-Verordnung und des SIS-II-Beschlusses zu überprüfen sowie Empfehlungen zuhanden der Mitgliedstaaten und der Zentraleinheit auszuarbeiten. An den regelmässig stattfindenden Sitzungen werden Erfahrungen ausgetauscht, gemeinsame Probleme betreffend die Funktionsweise des SIS II diskutiert und nach Lösungen gesucht. An den Sitzungen werden auch Vertreter der Dienststellen der Europäischen Kommission und der Europäischen IT-Agentur eu-LISA angehört.