En cas de désaccord entre le demandeur/la demanderesse et l'autorité, la loi sur la transparence prévoit une procédure de médiation après que l'autorité concernée a définitivement pris position concernant la demande d'accès.
Le demandeur/la demanderesse ou un tiers concerné peut déposer une demande en médiation auprès du Préposé lorsqu'il n'est pas satisfait par la suite donnée par l'autorité compétente à sa demande. Ceci peut survenir lorsque l'autorité refuse ou limite l'accès aux documents requis, ne respecte pas les délais prévus ou entend accorder l'accès à des données concernant un tiers contre la volonté de ce dernier. Si un accord intervient dans le cadre de la procédure de médiation, l'affaire est classée. Dans ce cas, le Préposé n'établit pas de recommandation.
La demande en médiation doit être déposée auprès du Préposé par écrit dans les 20 jours qui suivent la date de réception de la prise de position de l'autorité ou à l'échéance des délais fixés à l'autorité pour prendre position.
La procédure de médiation peut avoir lieu par écrit ou oralement (avec la participation d'un seul ou de tous les intéressés) sous la direction du Préposé. Ce dernier est compétent pour définir en détails le déroulement de la procédure. La procédure de médiation est informelle.
Le Préposé examine la licéité et l'adéquation de l'appréciation de la demande d'accès par l'autorité. Ainsi, le Préposé vérifie notamment si l'autorité compétente dans le cadre d'une demande d'accès a correctement appliqué les dispositions relatives à la notion de document officiel ainsi que les clauses d'exceptions prévues par les art. 7 s. LTrans), ou les dispositions relatives à la protection des données personnelles. Par ailleurs, il peut examiner, pour tous les domaines dans lesquels la loi sur la transparence confère un certain pouvoir d'appréciation à l'autorité (p.ex. les modalités d'accès à des documents officiels) si la solution retenue par l'autorité est adéquate et proportionnée au vu des circonstances du cas d'espèce. Le Préposé peut faire des propositions dans le cadre de la procédure de médiation (art. 12 al. 2 OTrans) ou le cas échéant émettre une recommandation (art. 14 LTrans).
Dans le cadre d'un essai d'une année à partir du 1er janvier 2017, les nouvelles demandes de médiation seront majoritairement traitées au moyen d'une médiation orale en présence des participants. La date de la séance de médiation leur sera communiquée en même temps que l'accusé de réception de la demande en médiation et, en principe, ne pourra pas être reportée (sous réserve de justes motifs par analogie à l'art. 204 CPC, RS 272). En principe, la date est fixée 3 semaines avant le déroulement de la séance de médiation. Au terme des séances de médiation et en fonction du résultat obtenu, les recommandations seront communiquées oralement aux participants. Dans les jours qui suivent, une confirmation écrite contenant, le cas échéant, une motivation sommaire des recommandations leur sera rendue.